Lagkagehuset tog sin begyndelse i begyndelsen af 1990'erne.
Ole Kristoffersen åbnede i 1991 et bageri på Torvegade på Christianshavn i København, mens Steen Skallebæk etablerede sit bageri i Haderslev i 1992.
I flere år talte de om at lægge deres bagerier sammen.
Først i 2008 samlede forretningerne og døbte dem Lagkagehuset. Kort tid efter solgte de selskabet til kapitalfonden FSN.
I sommeren 2017 solgte FSN alle aktier til den nordiske kapitalfond Nordic Capital for angiveligt over 1 mia. kr.
Blot fire måneder senere, i november 2017, solgte Nordic Capital 20 pct. af aktierne til amerikanske L Catterton.
Lagkagehuset har pt. 78 butikker i Danmark og 8 butikker i London.